В этой части Шрек сталкивается с самыми темными страхами и тайнами, когда незнакомая угроза начинает терроризировать его мир.
Сюжет начинается с того, что Шрек, усталый от мирной жизни и рутинных забот о семье, начинает испытывать ностальгию по своим прежним приключениям. Однако его желание вернуть старые времена оборачивается настоящим кошмаром, когда в его жизнь врываются загадочные существа, пробуждающие древние страхи и тёмные тайны из прошлого.
Вместе с Фионой, Ослом и Котом в сапогах, Шрек вынужден расследовать происходящее, исследуя мрачные уголки своего королевства и сталкиваясь с новыми, опасными персонажами. Каждая встреча становится все более напряженной и полна неожиданных поворотов.